Mạc Hồng Quân bắt đầu trở về nước thi đấu ở V.League trong màu áo của Thanh Hóa từ giai đoạn 2 của V.League 2013 với một bản hợp đồng mượn 3 tháng từ CLB Sparta Prague (CH Czech). Mức lương lúc đó Mạc Hồng Quân nhận được như anh chia sẻ thời điểm ấy là khá thấp.
Đến đầu năm 2014, Thanh Hóa ký hợp đồng chính thức 1 năm với tiền đạo sinh năm 1992. Tuy nhiên, do không được thi đấu thường xuyên, Mạc Hồng Quân đã chấp nhận đền bù 500 triệu đồng cho đội bóng xứ Thanh để đầu quân cho đội bóng nhà nghèo - Hùng Vương An Giang.
Dẫu vậy, số phận chưa mỉm cười với cầu thủ Việt Kiều này khi mà tránh vỏ dưa, phải gặp vỏ dừa. Do không có kinh phí hoạt động, nợ lương và nợ thưởng của các cầu thủ triền miên nên cuối năm 2014, CLB Hùng Vương An Giang đã tuyên bố giải thể và không tham gia các giải đấu chuyên nghiệp ở Việt Nam.
Trong hoàn cảnh khó khăn, Mạc Hồng Quân đã được CLB QNK.Quảng Nam ký hợp đồng với giá trị 2 năm. Thế nhưng, ngay khi hợp đồng đã ký và chưa nhận được lót tay, cầu thủ này đã quyết định bỏ tiền túi ra 500 triệu đền bù hợp đồng để đầu quân cho Than Quảng Ninh với bản hợp đồng giá trị 3 năm. Phí lót tay mỗi năm được biết vào khoảng 1,5 tỷ đồng và mức lương của Mạc Hồng Quân ở Than Quảng Ninh không hơn 30 triệu đồng mỗi tháng.
Nhận được tiền tỷ lót tay, Mạc Hồng Quân đã dùng toàn bộ số tiền này để mua được căn hộ ở Times City rộng gần 100m2. Ngoài ra, cuối năm 2015 vừa qua, tiền đạo Việt Kiều cũng tham gia đóng một bộ phim điện ảnh. Theo tìm hiểu, mức cát xê mà anh nhận được sau hơn 1 tháng tham gia đóng phim là 90 triệu đồng.
Có thể nói mức thu nhập trên được xem là trung bình của các cầu thủ Việt Nam. Nhưng nếu so với những ngôi sao mang mác tuyển khác thì thu nhập của Mạc Hồng Quân là khá thấp. Đó là lý do, nhiều người không khỏi cảm thấy bất ngờ trước thông tin cầu thủ này mỗi tháng chu cấp 60 triệu đồng cho mẹ con Khánh Ly như những gì bạn gái của anh là Kỳ Hân chia sẻ.
Trước đó, ngay sau khi Kỳ Hân chia sẻ rằng mỗi tháng Mạc Hồng Quân chu cấp cho con trai của Khánh Ly 60 triệu, nữ diễn viên “Nhật ký vàng anh” khẳng định đó là hoàn toàn là chuyện không có thật.
“Từ khi chia tay Mạc Hồng Quân đến nay, tôi không nhận được bất kỳ cuộc gọi điện nào của Quân cả, thế nên chuyện anh Quân chu cấp tiền cho con trai tôi mỗi tháng là hoang đường. Tôi khẳng định, đến thời điểm này, con trai tôi chưa nhận được bất cứ đồng nào từ Mạc Hồng Quân. Và mẹ con tôi cũng không muốn bất kỳ sự dính dáng hay liên quan gì đến Mạc Hồng Quân nữa.”