Cụ thể, dự thảo đưa ra ba mức kỉ luật với học sinh gồm: khiển trách, cảnh cáo và tạm dừng học tập trên lớp để thực hiện kế hoạch giáo dục riêng với học sinh vi phạm.
Việc tạm đình chỉ học tập tối đa là 2 tuần lễ. Trong khi ở thông tư cũ, mức kỷ luật nặng nhất là buộc thôi học một năm.
Việc áp dụng các hình thức kỷ luật trên chỉ áp dụng với học sinh vi phạm kỷ luật nhiều lần, vi phạm nghiêm trọng và chỉ áp dụng các hình thức này với học sinh trung học.
Trong thời gian nhận hình thức kỷ luật này, học sinh có thể thực hiện kế hoạch giáo dục tại nhà trường, gia đình hoặc cộng đồng dân cư dưới sự giám sát, hỗ trợ của cán bộ, giáo viên được phân công và gia đình học sinh.
Hết thời hạn tạm dừng học tập trên lớp, học sinh phải giải trình về kết quả rèn luyện của bản thân trong thời gian bị kỷ luật và đề xuất kế hoạch tu dưỡng, rèn luyện của bản thân trong thời gian tới.
Các mức kỷ luật như khiển trách, cảnh cáo, tạm đình chỉ học tập trong dự thảo thông tư trên không áp dụng với học sinh tiểu học, chỉ áp dụng với học sinh THCS, THPT.
Dự thảo cũng đưa ra các biện pháp kỷ luật tích cực để giáo viên linh hoạt sử dụng trong các tình huống như: khuyên bảo, động viên, phê bình riêng học sinh có khuyết điểm; Phối hợp với cha mẹ, người giám hộ giúp học sinh thực hiện kế hoạch giáo dục để khắc phục khuyết điểm; Yêu cầu học sinh thực hiện các nhiệm vụ cụ thể để sửa chữa lỗi đã vi phạm ví dụ làm bù bài tập, chép phạt, thu thập tài liệu liên quan tới chủ đề cần giáo dục học sinh từ các câu chuyện thực tế. Các trường cũng có thể thực hiện giao nhiệm vụ lao động phù hợp cho học sinh mắc lỗi.
Liên quan đến vấn đề này, ông Bùi Văn Linh - vụ trưởng Vụ Công tác học sinh, sinh viên Bộ GD-ĐT - cho biết, dự thảo thông tư về khen thưởng kỷ luật học sinh sẽ khắc phục được những bất cập là "khen tràn lan" và "xóa bỏ các kiểu xử phạt tiêu cực, xúc phạm nhân phẩm học sinh, tăng cường đưa ra các giải pháp giúp học sinh điều chỉnh hành vi, sửa chữa khuyết điểm".
