Theo cáo trạng, trong thời gian từ tháng 4/2014 - 5/2014, ông Nguyễn Khắc Thủy đã thực hiện 2 vụ dâm ô đối với 2 cháu gái tại chung cư Lakeside, phường Nguyễn An Ninh, TP. Vũng Tàu.
Vụ thứ nhất: vào tháng 4/2014, anh T. dẫn con gái là bé N. (khi ấy 6 tuổi) và con trai tên K. (11 tuổi) đi chơi ở khu vực cầu trượt trong khuôn viên của chung cư Lakeside. Trong quá trình chơi tại đây, bé N. bị ông Thủy dùng tay sờ vào bộ phận sinh dục.
Sự việc bị bé K. phát hiện và báo cho ba mình biết. Tại đây, anh T. đã dùng tay tát ông Thủy, đồng thời thông báo sự việc tới bảo vệ chung cư.
Vụ thứ 2 xảy ra vào cuối tháng 5/2014, bé H. (khi đó 11 tuổi) đang trò chuyện với bạn từ cửa sổ căn phòng trong chung cư thì bị ông Thủy bất ngờ tiến đến có hành vi dâm ô. Sự việc bị bạn của bé gái 11 tuổi này chứng kiến và sau đó đã kể chuyện này cho người lớn nghe.
Vào tháng 7/2016 chị Th. (37 tuổi, ngụ chung cư Lakeside, phường Nguyễn An Ninh, TP Vũng Tàu) có đơn gửi tới cơ quan CSĐT tố cáo ông Thủy có hành vi dâm ô với con gái mình.
Quá trình điều tra, công an đã lấy lời khai của bị hại, nhân chứng, dựng lại hiện trường và đã làm rõ 2 vụ việc trên. Riêng vụ của con gái chị Th. và một số cháu gái khác thì tiếp tục điều tra, làm rõ, xử lý sau.
Trong quá trình điều tra, Nguyễn Khắc Thủy không thừa nhận hành vi của mình, nhưng căn cứ vào lời khai của các bị hại, lời khai của các nhân chứng, kết quả nhận dạng, kết quả khám nghiệm hiện trường đã đủ cơ sở để xác định Thủy thực hiện những hành vi trên.
Tại phiên tòa sáng ngày 17/11, luật sư bào chữa cho bị cáo Thủy cũng yêu cầu phiên tòa được xét xử kín nhưng đại diện VKS đã bác bỏ.
Khi phiên tòa đang được diễn ra, bị cáo Nguyễn Khắc Thủy nói rằng bản thân đau đầu, chóng mặt, sức khỏe không đảm bảo tham dự phiên tòa. HĐXX đã đồng ý cho bị cáo được ngồi trong quá trình xét xử và tòa cũng bố trí nhân viên y tế trực phía ngoài, tránh trường hợp sức khỏe của bị cáo Thủy có vấn đề.
Tại tòa bị cáo Thủy phủ nhận việc có hành vi dâm ô với các bé gái theo như cáo trạng của đại diện viện VKSND. Liên quan tới tờ giấy có nội dung “Hãy chú ý sự an toàn của vợ chồng mày và con quái vật Trần Thu Th.”, bị cáo Thủy xác nhận đó là chữ viết của mình nhưng lại không nhớ có dán trước cửa nhà chị Thủy hay không.
Bị cáo Thủy cũng cho hay vì quá bức xúc trước hành động đánh đập, xúc phạm nhân phẩm của thân, đồng thời khiến con gái của mình mất việc nên bị cáo đã viết tờ giấy trên.
Do đây là phiên tòa được dư luận quan tâm đặc biệt nên tòa đã bố trí lực lượng an ninh bảo vệ chặt chẽ. Sau khi tuyên bố khai mạc, tòa đã đề nghị các phóng viên di chuyển lên phòng báo chí để theo dõi, tác nghiệp qua màn hình camera.