Vào hồi 7h đến 9h30 sáng ngày 20/6/2016 (tức ngày 16 tháng 5 năm Bính Thân), lễ viếng Đại tá Trần Quang Khải đã được tổ chức tại Nhà tang lễ Bệnh viện Quân y 4, Quân khu 4 (đường Lê Viết Thuật, xã Hưng Lộc, thành phố Vinh, tỉnh Nghệ An).
Lễ truy điệu Đại tá Trần Quang Khải đã diễn ra vào lúc 9h30 đến 10h sáng cùng ngày, ngay sau đó thi hài của Đại tá Khải đã được đưa về quê thôn Tân Văn 2, xã Tân Dĩnh, huyện Lạng Giang, tỉnh Bắc Giang.
Được biết đây cũng là nơi Đại tá Khải sẽ được an táng theo nguyện vọng của gia đình, sau khi thi hài của Đại tá được hỏa táng tại Nghĩa trang Văn Điển (Hà Nội) vào sáng ngày mai 21/6.
Trước đó, vào khoảng 6h25 cùng ngày, người nhà, người thân phi công Khải đã có mặt tại nhà tang lễ quân khu 4 để làm lễ nhập quan cho anh.
7h, khi lễ truy điệu đại tá Trần Quang Khải được diễn ra, hàng trăm người dân đã tập trung trước nhà tang lễ Bệnh viện Quây y 4 (TP Vinh (Nghệ An) để bày tỏ cảm xúc thương tiếc tới người chiến sĩ đã hy sinh trong thời bình.
Đến 7h5, nhạc của bài “Hồn tử sĩ” vang lên, lễ viếng bắt đầu. Đoàn đại biểu Chính phủ và tỉnh Nghệ An là đoàn viếng đầu tiên Đại tá Trần Quang Khải, trong đó Phó thủ tướng Trịnh Đình Dũng là đại diện cho đoàn Chính phủ đã vào viếng và viết vào sổ tang đầu tiên.
Rất đông cán bộ, chiến sĩ đến từ nhiều quân, binh chủng đã đến tiễn biệt đại tá Trần Quang Khải.
Trong đám tang, vợ của đại tá Trần Quang Khải đứng thất thần ở góc đầu nơi gần linh cữu, ánh mắt đỏ hoe. Còn cô con gái mới 3 tuổi của hai anh chị thỉnh thoảng lại ngước mắt lên nhìn mẹ, dường như vẫn chưa hiểu chuyện gì đang xảy ra. Nhìn cảnh tượng đó, càng không ai có thể cầm nổi nước mắt.
8h30, người dân bắt đầu vào viếng thăm đại tá phi công Trần Quang Khải, trong đó có cả những người chưa từng gặp mặt anh bao giờ nhưng cũng đã bỏ công bỏ việc để đến chia buồn và tiễn đưa anh. Nhiều người khi vào viếng, đi qua linh cữu anh đã không cầm được nước mắt.
Vào khoảng 9h, lễ viếng kết thúc, Ban tổ chức tiến hành lễ truy điệu cho đại tá phi công Trần Quang Khải. Trung tướng Nguyễn Văn Thanh, Bí thư Đảng ủy, Chính ủy Quân chủng Phòng không không quân, Trưởng ban lễ tang - đọc điếu văn.
Vào 9h20 lễ truy điệu kết thúc, dâng hương chuẩn bị di quan Đại tá Trần Quang Khải. Đến 9h30, di hài của đại tá Trần Quang Khải đã được di chuyển để đưa ra xe trở về quê nhà Bắc Giang.
Theo thông báo của Bộ Tư lệnh Quân chủng Phòng không - Không quân, Sư đoàn Không quân 371 và gia đình phi công, lễ viếng tại quê nhà sẽ được tổ chức từ 18h ngày 20/6/2016 đến 7h30 sáng ngày 21/6/2016.
Sau đó lễ đại tá Trần Quang Khải sẽ được hỏa táng tại Đài hóa thân Hoàn Vũ, Văn Điển, Thanh Trì, TP Hà Nội và lễ an táng sẽ diễn ra vào hồi 17 giờ, ngày 21/6/2016, tại Nghĩa trang liệt sĩ xã Tân Dĩnh, huyện Lạng Giang, tỉnh Bắc Giang.