GS Phan Huy Lê sinh ngày 23.2.1934 tại làng Thu Hoạch, xã Thạch Châu, huyện Thạch Hà (nay là huyện Lộc Hà), tỉnh Hà Tĩnh. Cả hai dòng họ nội ngoại của ông đều là những dòng họ khoa bảng nổi tiếng với các danh nhân văn hóa như Phan Huy Cẩn, Phan Huy Ích, Phan Huy Thực, Phan Huy Vịnh, Phan Huy Chú, Cao Xuân Dục, Cao Xuân Tiếu, Cao Xuân Huy…
GS Phan Huy Lê tốt nghiệp đại học tại Trường đại học Sư phạm Hà Nội năm 1956, chuyên ngành Lịch sử Việt Nam cổ trung đại. Ông được công nhận chức danh GS năm 1980, được phong tặng danh hiệu Nhà giáo Ưu tú năm 1988 và được phong tặng danh hiệu Nhà giáo Nhân dân năm 1994.
GS Phan Huy Lê cũng được tặng danh hiệu Viện sĩ Thông tấn nước ngoài của Viện Hàn lâm Văn khắc và Mỹ văn thuộc Học viện Pháp quốc năm 2011; Giải thưởng Quốc tế Văn hóa Á châu Kukuoka, Nhật Bản (1996) và Huân chương Cành cọ Hàn lâm của Chính phủ Pháp (2002)…
Một số công trình và giải thưởng khoa học tiêu biểu của ông: Chế độ ruộng đất và kinh tế nông nghiệp thời Lê Sơ; Lịch sử chế độ phong kiến Việt Nam; Lịch sử Việt Nam; The country life in the Red River delta; Vietnam, Art et Culture de la préhistoire à nos jours…
GS Phan Huy Lê nhận giải thưởng Nhà nước về khoa học và công nghệ năm 2000 cho công trình Tìm về cội nguồn (2 tập).
Ông cũng nhận giải thưởng Hồ Chí Minh năm 2017 với công trình Lịch sử và văn hóa Việt Nam - Tiếp cận bộ phận.