Năm 1988, Osama bin Laden thành lập al Qaeda và trở thành thủ lĩnh tối cao của tổ chức khủng bố này, với mục tiêu kích động phong trào thánh chiến trên toàn cầu. Với tham vọng lật đổ các thể chế chính trị mà y cho là thối nát và cản trở sự lan rộng của đạo Hồi tại các quốc gia Ả Rập cùng các nước Hồi giáo khác, bin Laden luôn xem Mỹ và các nước phương Tây là đối tượng chủ chốt cần phải diệt trừ.
Ngày 6/1/1995, thủ lĩnh khủng bố cấp cao Abdul Hakim Murad bị bắt giữ tại thủ đô Manila, Philippines. Gã đã khai nhận chi tiết các kế hoạch cho nổ tung máy bay Mỹ trên Thái Bình Dương, đồng thời đâm một chiếc phi cơ chở đầy thuốc nổ vào trụ sở CIA hoặc một tòa nhà thuộc chính quyền liên bang.
Ngày 7/8/1998, Đại sứ quán Mỹ tại Kenya và Tanzania nổ tung dưới đòn thù của bọn khủng bố, khiến 224 người bỏ mạng. Tổ chức al Qaeda tuyên bố nhận trách nhiệm cho hành vi máu lạnh này.
Ngày 8/10/1998, Cơ quan Quản lý Hàng không Liên bang Mỹ (FAA) cảnh báo các hãng hàng không và sân bay phải "duy trì cảnh giác cao độ". Các khu vực này rơi vào trạng thái căng thẳng vì bin Laden đã dọa sẽ trả thù Mỹ vì tiến hành không kích sào huyệt của al Qaeda ở Afghanistan và Sudan.
Cuối năm 1998, cơ quan tình báo Mỹ ghi nhận thông tin bin Laden muốn triển khai một vụ tấn công đẫm máu nhắm vào nước này, nhưng manh mối rất mơ hồ, thiếu chi tiết cả về thời gian lẫn địa điểm. Đây là vấn đề được quan tâm đỉnh điểm trong suốt mùa xuân và hè năm 2001.
Năm 1999, tình báo Pháp đưa Zacarias Moussaoui, một trong những thủ phạm chính trong vụ tấn công 11/9, vào danh sách những nghi can khủng bố cần phải theo dõi chặt chẽ.
Tháng 9/1999, Hội đồng Tình báo Quốc gia Mỹ nhận định al Qaeda "mang đến nguy cơ khủng bố nghiêm trọng nhất từ trước tới giờ cho nước Mỹ", đồng thời cảnh báo tổ chức này có thể "lái một chiếc máy bay chứa đầy thuốc nổ cao (C-4 và Semtex) đâm vào Lầu Năm Góc, trụ sở của CIA hoặc Nhà Trắng".
Tháng 12/1999, CIA nghe lén điện thoại ở Yemen về kế hoạch chi tiết cho hội nghị quan trọng của al Qaeda tại Malaysia. Ngày 14/12/1999, Ahmed Ressam bị bắt khi đang cố nhập cảnh vào Mỹ từ Canada. Trong xe của hắn, các sĩ quan tìm thấy gần 60kg vật liệu chế tạo bom, phục vụ cho âm mưu nổ tung Sân bay quốc tế Los Angeles.
Tháng 1/2000, CIA thu được thông tin tình báo từ Malaysia liên quan đến cuộc họp nghi là của al Qaeda tại Kuala Lumpur. Ngày 12/10/2000, kẻ khủng bố liều chết điều khiển máy bay tấn công tàu USS Cole ở Yemen, khiến 17 người thiệt mạng. Al Qaeda tiếp tục nhận trách nhiệm cho việc này.
Năm 2001, Moussaoui tham gia khóa học điều khiển máy bay tại trường đào tạo hàng không ở Oklahoma và Minnesota. Từ tháng 1 đến tháng 9/2001, FAA đã ban hành 15 thông tư cảnh báo về nguy cơ khủng bố và không tặc.
Ngày 10/7/2001, đặc vụ FBI Kenneth Williams đệ trình báo cáo về những người đàn ông Trung Đông được huấn luyện tại các trường dạy lái máy bay thuộc Phoenix, nghi ngờ rằng họ liên quan đến al Qaeda. Giám đốc CIA George Tenet đã trình bày về mối nguy hiểm mang tên al Qaeda với các quan chức cấp cao khác, trong đó có Cố vấn An ninh Quốc gia Condoleezza Rice.
Ngày 6/8/2001, Tổng thống George W. Bush nhận được bản báo cáo với nội dung bin Laden hạ quyết tâm tấn công nước Mỹ. Ngày 15/8/2001, Học viện đào tạo hàng không quốc tế Pan Am ở Minnesota thông báo cho FBI về mối nghi ngờ của họ đối với Moussaoui. Tên này đã trả cho trường một khoản học phí khổng lồ và yêu cầu họ dạy mình lái máy bay phản lực loại lớn, dù kinh nghiệm của hắn cực kỳ ít ỏi. Sau đó, Moussaoui bị FBI thẩm vấn và hạ lệnh trục xuất khỏi nước Mỹ.
Ngày 23/8/2001, CIA gửi một bức điện khẩn tới FBI, Bộ Ngoại giao, hải quan và INS nhằm cảnh báo lo ngại về những cá nhân có liên hệ với bin Laden. Ngày 4/9/2001, các cố vấn an ninh quốc gia của Tổng thống Bush đã thông qua bản dự thảo kế hoạch chống lại al Qaeda, bao gồm chi phí 200 triệu USD để trang bị vũ khí cho lực lượng quân đội giao tranh với phiến quân Taliban. Nhóm cố vấn đã gửi dự thảo cho tổng thống vào hôm 10/9, nhưng khi đó ông đang đi công tác nên không kịp xem.
Ngày 11/9/2001, thảm họa đã xảy ra. Bốn chiếc máy bay dân dụng đã bị 19 tên không tặc khống chế để đâm thẳng vào hai tòa tháp Trung tâm Thương mại Thế giới (WTC) ở New York và trụ sở Bộ Quốc phòng Mỹ. Một trong bốn chiếc máy bay bị rơi ở bang Pennsylvania do hành khách và phi hành đoàn quyết liệt chống trả kẻ khủng bố.
Vụ tấn công khủng khiếp đã khiến nước Mỹ chìm trong nước mắt xót xa cho 2.753 người thiệt mạng, gần 10.000 người bị thương hoặc ảnh hưởng sức khoẻ nghiêm trọng. Tính đến tháng 7/2019, đã có 1.644 (khoảng 60%) trong số 2.753 phần thi thể của các nạn nhân được nhận dạng. Nước Mỹ cũng phải gánh chịu tổn thất kinh tế nặng nề, với con số tổn thất lên đến 246 tỷ USD. Quá khứ tối tăm đã lùi xa 19 năm tròn, thế nhưng vết thương mà nó để lại cho những người đau khổ vì mất người thân, người yêu sẽ chẳng bao giờ có thể nguôi ngoai được.
