Theo lịch, ban tổ chức SEA Games 31 sẽ tổ chức bốc thăm chia bảng, xếp lịch thi đấu môn bóng đá nam/nữ và futsal nam/nữ vào lúc 9h30 sáng mai 6/4.
Ở môn bóng đá nam, Ban tổ chức tiến hành phân loại hạt giống cho 10 đội tham dự dựa trên thành tích cao nhất trong hai kỳ SEA Games gần nhất (năm 2017 tại Kuala Lumpur và 2019 tại Philippines).
Việt Nam và Thái Lan (mỗi đội một lần vô địch) sẽ nằm ở nhóm hạt giống số 1. Nhóm 2 gồm Indonesia và Malaysia (mỗi đội một lần hạng Nhì), nhóm 3 gồm Myanmar và Campuchia (một đội hạng Ba và một đội vào bán kết), nhóm 4 gồm Philippines và Singapore (mỗi đội một lần xếp thứ ba tại vòng bảng), nhóm 5 gồm Lào và Timor Leste (đứng thứ tư và thứ năm vòng bảng).
10 đội được bốc thăm vào 2 bảng A và B. Đội chủ nhà Việt Nam mang mã số A1 thi đấu trận khai mạc, Thái Lan sẽ mang mã số B1. Các nhóm còn lại sẽ bốc thăm vào các mã số tương ứng.
Cũng như các kỳ SEA Games trước, hai đội có thành tích cao nhất mỗi bảng vào bán kết. Hai đội thắng vào chung kết, hai đội còn lại tranh huy chương đồng. U23 Việt Nam và Thái Lan không nằm chung bảng, nên kịch bản đẹp nhất ở SEA Games 31 là hai đội vào chung kết.
Môn bóng đá nam khởi tranh từ ngày 6/5, trong đó bảng A thi đấu ở SVĐ Việt Trì (Phú Thọ). Bảng B thi đấu ở SVĐ Thiên Trường (Nam Định). Hai khung giờ thi đấu cũng đã được xác định là 16h00 (trận 1) và 19h00 (trận 2).
Tại SEA Games 31, các đội bóng được đăng ký 20 cầu thủ, trong đó có 3 cầu thủ trên 23 tuổi. Do dịch Covid-19 diễn biến phức tạp, nên các đội có thể được thay 10 cầu thủ nếu có trường hợp là F0.
