Ở tuổi 34, Khánh Thi hạ sinh con trai đầu lòng tên là Minh Cường (Kubi) vào ngày 17/7/2015. 3 năm sau, ở tuổi 37, Khánh Thi lần thứ 2 vượt cạn hạ sinh con gái Anna vào năm 2018.
Khi có thêm một đứa con, bên cạnh việc vui vẻ đón thành viên mới, Khánh Thi lại càng thêm lo lắng khi con còn nhỏ tuổi mà đã sớm có em. Đặc biệt, cô phải lo lắng với việc dạy cho con tình yêu thương em, cảm giác ruột thịt khiến con không có cảm giác ra rìa.
Bà mẹ U40 cho biết vì tính chất công việc, Khánh Thi cùng Phan Hiển thường xuyên xa nhà, không có thời gian gần gũi các con nhiều. Kubi thì khi có em còn quá nhỏ, đến mức cậu bé đôi khi còn không ý thức được, vẫn nghĩ em chỉ là búp bê, chưa biết chăm em, đôi khi còn “đành hanh”, giận dỗi là đòi đuổi em đi.
Nguyên văn lời Khánh Thi viết:
“Ba Mẹ bận lắm, lo đi làm suốt. Thời gian bên cạnh và chăm sóc ít hơn rồi. Kubi cũng chưa biết chăm em đâu. Nghĩ em là búp bê mà. Lâu lâu ai hỏi Kubi nói là Anna ngủ rồi, hay Anna là em Kubi đó. Hôm nào Kubi giận là Kubi nói: Anna đi xuống lầu 2, lầu 4 là nhà của Kubi.”
Tuy nhiên, chàng trai 3 tuổi Kubi chỉ sau 5 tháng sống cùng với em đã khiến mẹ Khánh Thi yên lòng. Chỉ bằng một hành động bất ngờ khi đút ti giả và chăm sóc em gái Anna, Kubi đã khiến Khánh Thi trào nước mắt, coi là khoảnh khắc vô giá của người làm cha làm mẹ.