Nhà ga này được xây dựng vào năm 1928 với một chi phí rất lớn nhằm đẩy mạnh giao thương và du lịch giữa hai quốc gia, nhưng đến năm 1970 đã bị cho ngừng hoạt động.
Vào buổi lễ khánh thành nhà ga này, cả vua Alfonso XIII của Tây Ban Nha lẫn tổng thống Pháp đương nhiệm Gaston Doumergue cũng đã có mặt tham dự. Sảnh chính của nhà ga Canfranc Estación có tên là Art Nouveau dài đến 240 m, gồm 365 cửa sổ và 156 cửa ra vào - lớn thứ 2 châu Âu.
Được đầu tư rất nhiều tiền của nhưng nhà ga này lại khá vắng khách. Trong những năm đầu sau khi đi vào hoạt động, các tuyến tàu ở đây chỉ đón được khoảng 50 hành khách mỗi ngày.
Vấn đề chính được cho là do sự phiền phức khi Pháp và Tây Ban Nha sử dụng hai đường ray khác nhau nên hành khách nào muốn đi qua biên giới thì phải đổi tàu. Hơn nữa khủng hoảng kinh tế vào năm 1929 cũng đã gián tiếp ảnh hưởng đến nhà ga này.
Chưa kể, trong suốt thời gian xảy ra nội chiến ở Tây Ban Nha, quốc gia này đã phong tỏa đường tàu phía bên mình để ngăn chặn việc buôn lậu vũ khí. Tuy vậy, nó vẫn được duy trì cho tới Thế chiến thứ Hai, những chuyến tàu tại đây đã mở ra một con đường thoát cho người Do Thái đến Tây Ban Nha. Đức Quốc Xã cũng được cho là đã sử dụng nhà ga này để vận chuyển vàng lậu.
Sau Thế chiến thứ Hai, không còn ai bận tâm đến việc trùng tu cho nhà ga cũng như các chuyến tàu ở Canfranc Estación nữa. Vào năm 1970, một con tàu đã bị trật đường ray, đâm vào một cây cầu bên dãy núi thuộc Pháp và sự kiện này đã chính thức kết thúc hoạt động của ga Canfranc Estación.
Đến nay, phần lớn nhà ga đã bị hư hỏng nặng. Người ta đã lên kế hoạch để biến nó thành một khách sạn sang trọng nhưng có vẻ bất khả thi. Tuy nhiên, bây giờ có vẻ Canfranc Estación vẫn còn thu hút du khách nhiều hơn khi nó còn hoạt động. Thế nên, nhà chức trách đang tính toán đến việc trùng tu và hồi sinh nó.
