Nếu như người hâm mộ còn hụt hẫng vì chỉ thấy Michael thoáng qua trong tập 1 Ogygia thì sang đến tập 2, họ đã được chứng kiến nhiều hơn cuộc sống của anh trong nhà tù Yemen. Tại đây, Michael ở chung với 3 người bạn tù: Ja - một tội phạm nghiện ma túy; Sid - một anh chàng gay bị bắt giam vì những luật lệ hà khắc của quốc gia hồi giáo, và Whip - một đồng minh luôn sốt sắng giúp đỡ Michael. Cả 4 người dường như đang chuẩn bị cho một kế hoạch tẩu thoát mà Michael là người cầm đầu. Nhưng một câu hỏi lớn được đặt ra: tại sao Michael lại tìm cách vượt ngục vào lúc này, sau khi đã dành 8 năm tại đây và để những người thân tin rằng anh đã chết?
Lời đáp cho câu hỏi này đã được tiết lộ ở cuối tập phim: thì ra Michael không âm mưu vượt ngục cho riêng mình, mà kế hoạch này còn nhằm giải thoát một nhân vật sừng sỏ khác. Chuyển sang Lincoln và C-Note, trong tập trước hai người này đã không quản đường xa lẫn khó khăn, tìm đường tới Yemen chỉ để nhận về thái độ lạnh lùng và tỏ ra không quen biết khi gặp Michael.
Trở về khách sạn, C-Note giải thích cho Lincoln rằng Michael - dưới cái tên giả Kaniel Outis - đã bị bắn giam vì có hành vi chống đối chính phủ Yemen. Anh cũng mới được thả ra khỏi nhà lao đặc biệt do từng tìm cách vượt ngục. Giữa lúc đó, cả hai nhận ra mình đang bị một cậu bé lạ mặt theo dõi. Lincoln lập tức đuổi theo đứa trẻ khả nghi này, nhưng bị mất dấu trên đường. Dù vậy, anh đã tìm được thứ mình cần: một con thiên nga giấy - kiểu truyền thông điệp đặc trưng của Michael - với lời nhắn: HÃY TÌM LÃNH TỤ ÁNH SÁNG, VÀ EM SẼ ĐƯỢC TỰ DO.
Lần theo đầu mối gửi bởi Michael, nhóm Lincoln tìm đến vùng ngoại ô thành phố, tiền tuyến cuộc nội chiến đẫm máu tại Yemen. Tại đây, họ tìm ra “lãnh tụ ánh sáng”, tức chủ một công ty điện lực và là cha của Sid. Ông này đang được giao nhiệm vụ làm mất điện tại nhà tù Ogygia, tạo điều kiện cho một nhóm tù nhân trong đó trốn thoát. Để đổi lấy sự giúp đỡ từ người này, Lincoln cứu thoát cô con gái của ông đang mắc kẹt tại vùng chiến sự, và đưa tất cả thoát khỏi sự truy đuổi của kẻ địch.
Trong khi đó thì tại Mỹ, Sara - người yêu cũ của Michael vẫn đang gặp rắc rối do vụ tấn công gia đình cô ở tập trước gây ra. Nếu như lần trước gặp Lincoln, Sara vẫn còn hoài nghi về việc Michael còn sống, thì giờ đây cô buộc phải tin khi được gửi đoạn phim quay Michael bằng xương bằng thịt. Ngay lập tức, Sara tìm tới Bộ Ngoại Giao Hoa Kỳ để tìm câu trả lời, và cũng tại đây, cô tình cờ gặp lại một gương mặt quen khác: Paul Kellerman! Ở cuối season 4 lên sóng cách đây 8 năm, Kellerman đã trở thành một chính khách có tiếng và thậm chí còn tranh cử tổng thống, nhưng vẫn bị ám ảnh bởi những việc làm tàn bạo của mình trong quá khứ. Sara cho gã biết về chuyện Michael còn sống và bị giam ở Yemen, nhưng Kellerman tỏ ra hoài nghi một người tài giỏi như anh lại có thể bị cầm tù lâu đến vậy. Gã kết luận rằng đây có lẽ chỉ là một phần âm mưu do chính Michael dàn dựng.
Trở lại Ogygia, Michael sử dụng một miếng kẹo cao su cùng những đồ vật đơn giản hết sức tài tình để khiến mình bị bỏng, nhờ đó yêu cầu được đưa tới phòng bệnh. Dù vậy, tên quản ngục không những không giúp đỡ mà quay sang đánh đập Michael. Một quản ngục khác thương tình cho anh vài viên thuốc phiện giảm đau, mà không biết rằng chính chúng mới thực sự là mục tiêu của Michael. Trở về buồng giam, Michael đổi những viên thuốc vừa lấy được cho Ja nghiện ngập, để lấy một số điện thoại hãng pizza. Không lâu sau đó, ở bên kia bán cầu, Sara và cậu con trai nhận được một con thiên nga giấy từ tay người đưa pizza, với lời nhắn bên trong: BẢO TẤT CẢ TRỐN ĐI. BÃO TỐ SẮP ẬP ĐẾN.
Tới cuối tập phim, người xem rốt cuộc được diện kiến đối tượng mà Michael đang âm mưu giúp vượt ngục: trùm khủng bố Abu Ramal, người cũng mới được thả ra sau một thời gian bị biệt giam. Vừa rời khỏi nhà lao đặc biệt, gã đi thẳng tới ôm Michael và thì thào rất nhanh: “Đã tìm thấy lối thoát cho bọn ta chưa?”. Michael đáp: “Rồi, vào đêm mai”, ám chỉ thời điểm nhà tù mất điện đã đến rất gần.
Tập tiếp theo của Vượt ngục season 5 sẽ lên sóng vào sáng thứ năm tới.