Nối tiếp tập 1, Penthouse: Cuộc chiến thượng lưu 3 bắt đầu với cảnh Shim Soo Ryeon (Lee Ji Ah) và Oh Yoon Hee (Eugene) ra tay đẩy ngã Cheon Seo Jin (Kim So Yeon) xuống sông. Tuy nhiên, đây chỉ là một màn kịch của cả hai để chơi đùa với cảm xúc của cô với mục đích lớn lao khác.
Cuối cùng, cô giáo cũng được cứu sống với đề nghị chung tay giết chết Joo Dae Tae từ Shim Soo Ryeon. Có ý định từ chối, song Cheon Seo Jin đã bị khiêu khích trước tin Joo Dan Tae được chỉ định làm đại biểu duy nhất tại đại hội cổ đông Cheong Ah Group. Dường như đã biết anh là kẻ giết Logan Lee (Park Eun Seok), Cheon Seo Jin quyết tiếp cận và tìm ra bằng chứng.
Sau khi thoát chết, Cheon Seo Jin lập tức đến thăm con gái Ha Eun Byul. Nhưng thay vì vui mừng, Eun Byul lại tức giận và đẩy Cheon Seo Jin ra. Thấy mẹ tức giận với quản gia Jin Bun Hong, Eun Byul rơi nước mắt và đòi tự sát. Cô phủ nhận sự tồn tại của mẹ và nói rằng mình hạnh phúc khi ở bên quản gia.
Mặt khác, Cheon Seo Jin đã đề nghị một thỏa thuận với Joo Dan Tae để lấy lại quyền lực của mình. Cô giáo hành động như thể cô được thả nhờ Joo Dan Tae trước mặt các phóng viên, và anh cảm thấy ghê tởm đối với cô. Đe dọa về vụ nổ xe giết chết Logan Lee, Joo Dan Tae bắt đầu lo lắng. Sợ gặp rắc rối, anh phải nghe theo kế hoạch của Cheon Seo Jin và cả hai quyết định ký hợp đồng vợ chồng.
Trở về nhà, Shim Soo Ryeon sốc khi gặp một vị khách không mời mà tới trông giống hệt Logan Lee. Khác hẳn với vẻ ngoài lịch lãm, anh chàng này thu hút sự chú ý với nhiều hình xăm nghệ thuật và vẻ ngoài theo phong cách Reggae. Người này được tiết lộ là anh trai của Logan Lee với tên Alex Lee. Anh nghi ngờ cô là thủ phạm giết chết em trai mình. Đáp trả lại, Shim Soo Ryeon quặn lòng: “Tôi ước gì mình đã giết anh ấy. Thật khủng khiếp khi người vừa gọi cho tôi mỗi ngày, lo lắng cho tôi bỗng nhiên rời xa tôi”.
Ngoài ra, Cheon Seo Jin đến nhà cô em gái cùng cha khác mẹ Cheon Seo Young và bắt gặp cảnh ngoại tình của cô ta với tài xế. Nhờ vậy, Cheon Seo Jin có thể đe dọa và lấy lại những gì thuộc về mình. Bên cạnh đó, Dong Pil (Park Ho San) phát hiện ra rằng con gái Jenny (Jin Ji Hee đã bị bắt nạt, và đến trường Trung học Nghệ thuật Cheong Ah để cảnh báo Seok Kyung. Shim Soo Ryeon, người đã trở thành chủ tịch của Quỹ Cheong Ah, đã sa thải thầy Ma (Ha Do Kwon), người đã nhận hối lộ từ các bậc phụ huynh.
Ngoài ra, Gyu Jin (Bong Tae Gyu) và Yoon Cheol (Yoon Jong Hoon), những người lần lượt được thả sau khi Joo Dan Tae, đã có một cuộc họp tại căn Penthouse. Tại đây, bác sĩ Ha nói với Joo Dan Tae: "Tôi đã quyết định trở thành một thứ rác rưởi thực sự. Làm thế nào để anh tin tôi?”. Ha Yoon Cheol đập vỡ chai rượu trên tay, khiến người xem tò mò về những bước đi trong tương lai của anh.
Hiện tại, khán giả đang tò mò liệu Cheon Seo Jin, Shim Soo Ryeon và Oh Yee Jin có thực sự bắt tay để trả thù Joo Dan Tae hay không.
