Hãng phim đã gặt hái được nhiều thành công khác nhau vào đầu những năm 2000 với việc ra mắt các thương hiệu X-Men và Fantastic Four. Mặc dù sở hữu hai thương hiệu lớn của Marvel nhưng Fox không bao giờ đưa cả hai cùng xuất hiện trên màn ảnh rộng. Họ đã hoàn thành bộ ba X-Men vào năm 2006 và chứng kiến Fantastic Four kết thúc sau hai phần phim vào năm 2007. Đồng thời, cùng với sự thất bại đáng tiếc của cả hai thương hiệu này, hãng phim buộc phải nghĩ ra một hướng đi mới.
Vào mùa hè năm 2010, Fox đã tiết lộ về dự án này khi Matthew Vaughn ký hợp đồng với vai trò đạo diễn cho bộ phim X-Men: First Class. Bộ phim sẽ lấy bối cảnh vào những năm 1960, dựa trên kịch bản của Zack Stentz và Ashley Edward Miller. Bộ phim đóng vai trò như một phần khởi động lại của loạt phim X-Men với một dàn diễn viên trẻ, tài năng đảm nhận những vai quen thuộc. Chính tại đây, người hâm mộ đã gặp Giáo sư X của James McAvoy, Magneto của Michael Fassbender, Mystique của Jennifer Lawrence, v.v. Theo những tiết lộ gần đây thì cùng lúc đó, Stentz và Miller đang thực hiện một kịch bản tuyệt mật mà theo đó X-Men và Fantastic Four sẽ đối đầu với nhau.
Bộ phim crossover giữa X-Men và Fantastic Four được lên kế hoạch vào năm 2010 có thể trở thành phần tiếp theo của X-Men: First Class. Theo cốt truyện ban đầu thì bộ phim mở đầu bằng sự kiện khi Johnny Storm cố gắng bắt giữ Molecule Man, sau đó trở nên điên loạn và gây ra sự hủy diệt lớn ở Manhattan, khởi đầu cho phong trào Superhero Registration Act. Điều này sẽ chia X-Men và Fantastic Four thành hai phe khác nhau, về cơ bản giống như một Captain America: Civil War của Fox - nhưng là tại thời điểm vài năm trước. Theo Stentz, bộ phim thậm chí còn có sự góp mặt của Deadpool và Daredevil. Hai quan điểm khác nhau sẽ dẫn đến Wolverine và Mr. Fantastic ở hai phía đối nghịch và chiến đấu với nhau.
Để đưa câu chuyện này lên màn ảnh, Fox thông báo đã cố gắng thuyết phục Paul Greengrass ngồi vào ghế đạo diễn cho bộ phim đan xen này. Vào thời điểm đó, Greengrass vẫn còn đang ở giai đoạn đỉnh cao với thương hiệu phim nhiều phần Bourne và sẽ ra mắt cặp đôi Matt Damon mới nhất của anh ấy trong Green Zone. Greengrass đã không thực hiện dự án tiếp theo của mình là Captain Phillips cho đến mùa hè năm 2011, vì vậy đây có thể là cơ hội để vị đạo diễn này chính thức cầm trịch cho bộ phim có sự tham gia của hai thương hiệu đình đám X-Men và Fantastic Four. Tuy nhiên, bộ phim chưa bao giờ vượt ra khỏi giai đoạn phát triển ban đầu và thành công của X-Men: First Class dường như là lý do lớn nhất.
Fox hài lòng với kết quả của bộ phim ngay cả khi nó thực sự là một trong những bộ phim có doanh thu thấp nhất của thương hiệu phim nhiều phần này, Fox quyết định sử dụng nó làm khuôn mẫu cho mọi thứ sẽ xảy ra sau đó. Họ đã gạt ý tưởng crossover cùng Fantastic Four sang một bên và thay vào đó dồn mọi sự chú ý vào việc thực hiện X-Men: Days of Future Past như một bom tấn crossover. Bộ phim đã quy tụ dàn diễn viên mới và các diễn viên gốc vào một phần phim cho một cuộc phiêu đan xen giữa quá khứ và hiện tại. Việc xử tử bộ phim xảy ra đột ngột như cách mà Vaughn ban đầu đã lên kế hoạch cho câu chuyện, đó là lý do tại sao anh không chỉ đạo bộ phim. Tuy nhiên, bộ phim du hành thời gian là một thành công lớn - là tác phẩm có doanh thu cao nhất trong thể loại viễn tưởng trên toàn thế giới - và kết quả là X-Men: Apocalypse ra rạp hai năm sau và bây giờ là Dark Phoenix.
Vì vậy, có vẻ như thành công của First Class và chính thời điểm của dự án là lý do tại sao bộ phim crossover giữa X-Men và Fantastic Four không bao giờ xảy ra. Có rất nhiều chi tiết không rõ ràng về vị trí của bộ phim trong vũ trụ lớn hơn, chẳng hạn như nếu bộ phim được thực hiện nó cũng sẽ được thiết lập trong quá khứ với dàn diễn viên của First Class. Stentz nói rằng ông cũng đã viết kịch bản cho một bộ phim khởi động lại Fantastic Four, vì vậy có khả năng một bộ phim solo sẽ được ra mắt trước. Trong cả hai trường hợp, bộ phim crossover X-Men và Fantastic Four chỉ là sự khởi đầu. Bộ phim còn tiết lộ một cảnh hậu danh đề (after-creadit) gỡ rối cho cốt truyện Secret Invasion có khả năng là câu chuyện cho một bộ phim nhiều phần của vũ trụ điện ảnh này. Thay vào đó, người hâm mộ sẽ phải chờ đợi những sự đan xen và hội tụ này xảy ra như một phần của vũ trụ điện ảnh Marvel.
